IGV（Integrative Genomics Viewer）是一个非常方便的比对软件，在使用前只需要将参考基因组和bam文件分别建立索引（即建立fai和bai文件）并载入，就可以对转录组测序数据进行可视化浏览。对比samtools tview功能，这个软件有交互式操作界面，对萌新非常友好。
1. IGV软件下载
直接上百度搜就能找到IGV官网，选择linux版本或者windows版本都行，这里用linux版本为例，IGV只支持JAVA11版本，不用担心这个问题，下载的安装包里直接有JAVA11，解压就可以用，就是国外网站下载有点慢（科学上网）。
直接在虚拟机里解压打开，运行igv.sh，会自动准备好JAVA11的运行环境，成功弹出交互式界面（终于告别了黑漆漆的命令行 
）。
2. 导入文件
Genomes菜单栏上传建立索引的参考基因组.fa和.fai文件：
File菜单栏上传排序并建立索引的.bam和.bai文件：
如果有参考基因组注释文件，同样可以导入进去，同样导入前需要sort排序和建立index，可以用菜单栏里的igvtools直接sort和index：
3. 界面解读
我导入了5组bam数据，所有文件导入后可以看到如下界面，简单介绍一下各个区域和功能：
主页面获得的信息有限，我们选取第3条染色体为例，将其放大：
中间的界面可以通过左右拖动鼠标，或者按左右方向键来浏览染色体上的比对情况。我们在搜索框中直接搜基因名字进行染色体定位，比如CIPK家族中的CIPK7基因，回车后双击最后一栏基因注释文件中的基因名称CIPK7，可以得到详细的CIPK7基因信息（这里注意下，如果双击弹出来多个可供选择的片段的话，代表这个基因存在可变剪切）:
在基因注释区右键，选择expanded，可以将CIPK7基因的所有转录本显示出来。
放大到一定程度后，我们可以看到基因注释区上方出现了核苷酸序列和氨基酸序列，我们可以点击sequence旁边的箭头，切换到另一条链的序列。
点击核苷酸，会出现三行，分别表示不同起始位点的核苷酸翻译结果，绿色为起始密码子，红色的星号表示终止密码子。
再来看看放大后的tracks区域，bam文件在载入后会默认生成两个tracks，一个显示测序深度（Coverage track，可以对比下samtools depth），一个显示比对情况（Alignment track），我们放大其中一个样本的数据信息。
Coverage track区域灰色代表质量好，如果reads中某核苷酸与参考序列超过20%不一致的时候，IGV会根据四个碱基的计数对coverage的条形图进行着色。这里可以看到该位点处有20个reads覆盖到，8条reads测的是C核苷酸，12条reads测的是T核苷酸。如果某个位置coverage条形图只有一种颜色，即该位点测的核苷酸和参考序列完全不一样，那说明该位点是SNP位点。
Alignment tracks柱形图是和bam文件中的数据一一对应的，举个例子，我在IGV软件的ERR1698206.bam可以看到在第3条染色体位置8173028有3条reads。虚拟机中找到这个bam文件，直接samtools view查看并grep这个位置，可以找到3条定位的reads（还有三条是配对的另一条链）。
如果一条reads中间有缺失，IGV会用黑色横杠表示，中间数字表示缺失几个核苷酸。
IGV还用不同颜色标记异常的插入片段大小的reads，这里做的是RNA-seq数据比对，不用看reads颜色，有些reads还在质控的时候被裁短了，变成蓝色很正常（因为比预期短，个人理解是这样，有待考证？）。以下是官网的默认着色方案：
