本篇笔记主要记录如何在linux命令行中用TASSEL5和PLINK2软件做GWAS分析，以及如何可视化GWAS结果（在R中绘制曼哈顿图和QQ图）。关于GWAS是做什么的，以及基本概念介绍可以看上一篇笔记介绍：群体基因组学——概述和图表详解 - 我的小破站 (shelven.com)

最近看群体遗传学的文章，苦于不能理解研究者做的另人眼花缭乱的图表……哎，该补补基础了。这篇笔记先从樊龙江主编的《植物基因组学》教材开始学习基础概念，有部分摘自知乎和一些文献，加上这个领域论文图表的解读和自己的理解做汇总整理。下一篇笔记自己实操跑一下GWAS流程。