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HTseq也是对有参考基因组转录数据进行表达量分析的，主要用于reads计数。这个软件功能就比较专一，不像stringtie还需要运行prepDE.py脚本进行数据转化，直接一步到位。那为什么我一开始不用HTseq呢？因为我遇到一个bug 主要还是运算速度的问题，我比较了两种定量方式，HTseq定量虽然只有一步，但是速度远不如stringtie，也可能是我的问题，下面会说到。