前一篇博客主要讲了如何使用juicer进行Hi-C测序的下机数据处理，这篇博客我们按照Aiden团队的基因组组装“CookBook”继续接下来的操作，主要记录下3D-DNA软件的配置运行，以及如何手动调整结果。

前面经过三代数据结合二代数据的组装和polish，已经把基因组组装成了contigs的水平，下一步就是进一步提升到染色体水平。从实现的方式上来说有Bionano的光学图谱技术（作用是减少Scaffold数量，基因组纠错），Hi-C技术，遗传图谱以及依靠算法实现的基于近缘物种参考基因组的染色体水平组装（比如RagTag）。