在做生信分析的时候,难免会遇到一个pipeline上的软件存在冲突的情况,一般的解决方法是创建不同的conda环境,然后分别在不同的环境下跑不同的软件。这种操作可以解决环境冲突的问题但不适合写流程化的脚本,同时又非常占用空间。有的软件整合了pipeline流程的所有软件,按照顺序进行调用,这种软件虽然可以节省时间实现自动化分析,但是环境依赖的问题更加复杂,因此这一类的软件也往往提供容器来方便人们在一个封闭的环境中使用。
在做生信分析的时候,难免会遇到一个pipeline上的软件存在冲突的情况,一般的解决方法是创建不同的conda环境,然后分别在不同的环境下跑不同的软件。这种操作可以解决环境冲突的问题但不适合写流程化的脚本,同时又非常占用空间。有的软件整合了pipeline流程的所有软件,按照顺序进行调用,这种软件虽然可以节省时间实现自动化分析,但是环境依赖的问题更加复杂,因此这一类的软件也往往提供容器来方便人们在一个封闭的环境中使用。