最近用自己组装的植物基因组在做基因家族分析，简单记录下自己对数据的处理以及分析的流程。

随着现在测序技术的普及，越来越多的植物做了全基因组测序，对于基因组比较小的植物，现在纯做基因组组装和注释已经很难发文章了，一般来说我们还要再提出和解决一些生物学问题，最基础的就是通过比较基因组学，对系统发育中的代表性物种之间的基因家族进行比较分析、构建系统发育图谱，来揭示这些基因家族的起源和功能。

因为自己的生信基础知识比较薄弱，最近在华农跟着王老师上了一些植物基因组课程，记录一下。这一次主要结合课堂内容、MCScanX官方文档以及自己的理解，演示基因组共线性工具MCScanX的用法。