HTseq也是对有参考基因组转录数据进行表达量分析的，主要用于reads计数。这个软件功能就比较专一，不像stringtie还需要运行prepDE.py脚本进行数据转化，直接一步到位。那为什么我一开始不用HTseq呢？因为我遇到一个bug 主要还是运算速度的问题，我比较了两种定量方式，HTseq定量虽然只有一步，但是速度远不如stringtie，也可能是我的问题，下面会说到。

本篇笔记主要记录如何用Stringtie做转录本的组装和定量，以及如何制作样本列表矩阵，为后面DESeq2分析做铺垫。

IGV（Integrative Genomics Viewer）是一个非常方便的比对软件，在使用前只需要将参考基因组和bam文件分别建立索引（即建立fai和bai文件）并载入，就可以对转录组测序数据进行可视化浏览。对比samtools tview功能，这个软件有交互式操作界面，对萌新非常友好。

本篇笔记主要记录samtools的用法。

本片笔记主要记录Hisat2的用法，以及比较四个常用的比对参考基因组的软件。

本系列学习笔记数据均来自”Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabidopsis shoot meristem during flowering“，原文用RNA-Seq的方式研究开花阶段，芽分生组织不同时期的基因表达量变化，4个时间段（0, 1, 2, 3），4个重复，共有16个样品。点击这里获取文献

咳咳，经过10天左右紧张地准备，小站今天正式对外开放啦！作为第一次运行个人网站的小白，看着网站从零开始在自己手上慢慢展现一个个页面，实现一个个功能，这种成就感和激动感，让我感觉这几天的熬夜狂肝还是值得的呜呜呜我的头发。