最近基因家族分析的文章越来越多（铺天盖地的培训班宣传），知网上几乎天天都有更新这类文章。很多的这类文章都是纯生信分析，用的公共数据库中的基因组、蛋白序列和转录组数据，最多加个qPCR验证（甚至有些文章都没有），内容没有深度比较氵。写这篇笔记并不是鼓励大家水文章，只是掌握一门分析方法，不要把这类分析看得太难，0代码基础也可以做分析。
最近基因家族分析的文章越来越多（铺天盖地的培训班宣传），知网上几乎天天都有更新这类文章。很多的这类文章都是纯生信分析，用的公共数据库中的基因组、蛋白序列和转录组数据，最多加个qPCR验证（甚至有些文章都没有），内容没有深度比较氵。写这篇笔记并不是鼓励大家水文章，只是掌握一门分析方法，不要把这类分析看得太难，0代码基础也可以做分析。
整理一下前段时间做的基因家族分析笔记，这部分分析用的代码部分比较少，因为有现成的软件以及网站可以分析，没什么太多需要自己创造的地方，按部就班的分析流程实在让我提不起兴趣……简单记录下需要自己整理数据和写代码作图的部分——基因家族顺式作用元件预测。
最近在做一个植物物种的基因家族分析，花了一周时间把能做的图都做了一遍，有空就把所有分析流程都记录一下。
先说一个蛋白性质和序列分析中碰到的问题，我这里也收录了不少蛋白类的在线分析工具和数据库，可以点击这里查看 (shelven.com)，这些工具我每年会做一次更新。有的在线分析网站只能输入一条序列分析，当你手上很多序列的时候，一条条数据复制粘贴，点击提交，然后下一个页面再复制粘贴你要的数据，属实麻烦= =